Evolutivament, les cèl·lules eucariotes deriven de les procariotes. La seva estructura interna és més complexa, presenten diversos orgànuls delimitats per membrana, i d’altres no, i tenen una mida major. Totes les cèl·lules eucariotes tenen:
1) Membrana plasmàtica, membrana cel·lular, membrana citoplasmàtica o plasmalemma, és una bicapa lipídica que delimita totes les cèl·lules. És una estructura laminada formada per fosfolípids, glicolípids i proteïnes que envolta, limita, dóna forma i contribueix a mantenir l’equilibri entre l’interior (mig intracel·lular) i l’exterior (mig extracelular) de les cèl·lules. Regula l’entrada i sortida de moltes substàncies entre el citoplasma i el medi extracel·lular. És similar a les membranes que delimiten els orgànuls de cèl·lules eucariotes.
2) Nucli (2). És un recinte limitat per dues membranes concèntriques travessades per una sèrie de porus que comuniquen el seu interior amb el citoplasma. Conté diverses molècules lineals d’ADN associades a proteïnes i formant els cromosomes. La posició del nucli dins la cèl·lula és variable, des de central a més o menys perifèrica.
3) Centríols o Centrosoma (13). Són estructures cilíndriques formades per filaments de proteïnes. Prop del nucli hi ha dos, disposats de manera perpendicular entre ells, que participen a la formació del fus mitòtic durant la divisió cel·lular i que estan també relacionats amb l’organització del citoesquelet. A la base de cada cili o flagel eucariota trobem també una d’aquestes estructures. Les cèl·lules vegetals superiors no posseeixen centríols.
4) Citoplasma (11). El citoplasma és el contingut de la cèl·lula excloent-hi el nucli. Està constituït per una mescla viscosa, col·loidal i sense estructura, el hialoplasma, dins el qual es troben immersos diversos tipus d’orgànuls, la major part dels quals estan formats per membranes.
Orgànuls cel·lulars
- Mitocondris (9). Són orgànuls de forma circular o allargada i de la mida aproximada d’un bacteri. Tenen dues membranes, una externa, llisa i contínua, i una interna que forma plecs cap a l’interior. Els mitocondris tenen petites molècules d’ADN circular similar al dels procariotes i ribosomes 70S, raons per les quals poden sintetitzar algunes de les seves proteïnes. Poden dividir-se per a originar nous mitocondris.
Al seu interior té lloc la respiració oxidativa, procés pel qual la cèl·lula obté energia per a les seves funcions. Els mitocondris es van originar, evolutivament, per un procés d’endosimbiosi.
- Aparell de Golgi (6). Està format per un sistema de sacs membranosos tancats i aplanats que s’apilen entre ells. A l’interior d’aquests sacs es modifiquen macromolècules que posteriorment són empaquetades en vesícules que van a l’exterior cel·lular o a altres orgànuls.
- Reticle endoplasmàtic (RE). Està format per un conjunt de cisternes i tubs membranosos que s’estén per tot el citoplasma, des de l’exterior del nucli fins a la membrana plasmàtica. Aquest sistema de membranes és continu amb la membrana nuclear externa. Hi ha dos tipus de RE, el RE llis (8) i el RE rugós (5), essent ambdós continus entre ells. El primer està dedicat a la síntesi i el transport de lípids i sol tenir formes més tubulars; el segon, que té ribosomes associats a la cara citoplasmàtica de la seva membrana (la qual cosa li confereix el seu aspecte rugós), està relacionat amb la síntesi de proteïnes i les formes de les seves cavitats són més aplanades.
- Ribosomes(3). Són ribosomes més grans que els de les cèl·lules procariotes, ribosomes 80S. Es troben dispersos o formant polisomes al hialoplasma o també associats a la membrana del RE rugós.
- Citoesquelet (7) Està format per un conjunt de filaments proteics que travessen el hialoplasma formant una xarxa tridimensional. Confereixen la forma a les cèl·lules animals i estan relacionats també amb diversos tipus de moviments cel·lulars i dels orgànuls. Existeixen també a les cèl·lules vegetals.
- Lisosomes (4). Són petites vesícules membranoses que contenen enzims capaços de trencar la major part de les substàncies de la cèl·lula. Tenen com a funció “digerir” restes d’orgànuls o materials que la cèl·lula incorpora de l’exterior. Es troben a les cèl·lules animals, tot i que han estat descrits a algunes cèl·lules vegetals. Els peroxisomes són també vesícules membranoses que contenen enzims que oxiden compostos tòxics.
- Vacúols (10). Són grans vesícules embolcallades de membrana que es troben a les cèl·lules vegetals, on poden arribar a ocupar fins el 90% de l’espai intracel·lular. Al seu interior s’hi acumula aigua i altres substàncies. Tenen diverses funcions: regular la pressió osmòtica, emmagatzemar substàncies (sobretot les que resultarien tòxiques en grans quantitats), “digerir” (paper semblant al dels lisosomes animals) i omplir l’espai de manera que la cèl·lula pugui ocupar un volum major sense necessitat de tenir (i mantenir) més citoplasma.
- Plastidis. Són orgànuls membranosos embolcallats per una membrana doble, característics de les cèl·lules vegetals. Existeixen diferents tipus, essent els més importants els cloroplasts, que posseeixen al seu interior uns sistemes de membranes, els tilacoides, que contenen les molècules que participen a la fotosíntesi.
- Cilis i flagels. Són orgànuls formats per un complex sistema de túbuls proteics que poden lliscar entre ells, la qual cosa els confereix capacitat de moviment. La seva estructura és absolutament diferent a la dels flagels bacterians. Sobresurten de la cèl·lula embolcallats per la membrana plasmàtica i serveixen per a impulsar-la o bé per a moure el líquid extracel·lular (cilis). Es troben a diversos tipus de cèl·lules animals i en alguns protists.